厦门大学台湾研究院的前身为厦门大学台湾研究所，成立于1980年7月9日，是经中央批准和时任全国政协主席、中央对台领导小组组长邓颖超同志亲自批示，海内外最早公开成立的台湾研究学术机构，也是教育部和福建省共建单位。2004年2月19日，经厦门大学批准，升格改制为台湾研究院，现有专任教师32人，教授12人，副教授12人，另聘讲座教授2人，业界专家1人。
本院现设政治、经济、历史、文学、法律、社会、两岸关系等七个学科导向的研究所，遵循问题导向、特色鲜明、基础雄厚、学科融合原则设立的民进党研究中心、两岸青年研究中心、涉台外交研究中心、战略与安全研究中心、台港澳作家研究中心等跨学科研究机构，以及两岸融合发展与国家统一政策模拟实验室、大数据与民意调查研究中心、文献信息中心等综合性教学科研服务平台，另有院办公室、《台湾研究集刊》编辑部、国内交流合作中心等部门。
四十多年来，台湾研究院始终以“历史地、全面地、实事求是地认识台湾，促进海峡两岸学术交流，为祖国统一大业服务”为宗旨，致力于“理性、客观、全面、深入”地研究台湾政治、经济、社会、历史、文化、文学、教育、法律、两岸关系以及涉台外交等问题，是目前中国大陆高校中师生规模最大、学科方向最全、科研平台最多、学术成果最丰硕的台湾研究学术机构，不仅创下了大陆高校台湾研究的多个“第一”和“唯一”，在国际学术研究相关领域也获得较高的声誉。
台湾研究院于1997年和1999年先后被列为国家“211工程”的重点建设学科和福建省重点学科。以本院为母体组建的厦门大学台湾研究中心，荟集了全国研究台湾的精英，2001年入选为“教育部人文社会科学重点研究基地”。2004年入选国家“985”工程哲学社会科学创新基地。2012年入选教育部国别和区域研究基地。2014年，由厦门大学牵头且以台湾研究院为核心力量成立的“两岸关系和平发展协同创新中心”入选国家级“2011计划”。2017年9月，本院被中宣部纳入国家高端智库建设培育单位。2017年，“两岸关系和平发展”也被列入厦门大学“双一流”重点建设学科群和福建省“双一流”建设高峰学科。2022年，“两岸融合发展”再次被列入厦门大学“双一流”重点建设学科。目前，我院也是中央宣传部、中央统战部、民政部等部委有关单位的两岸关系理论或涉台研究基地。
台湾研究院将继续充分依靠厦门大学“侨、台、特、海”鲜明办学特色，发挥厦大“三海”（海峡、海丝、海洋）优势，抓住国家“双一流”建设和“国家高端智库”建设培育的契机，依托“两岸关系和平发展协同创新中心”、“教育部人文社科重点研究基地”、“教育部国别和区域研究基地”等等重大平台，形成“多元一体、多位一体、多面一体”的全方位发展格局，通过深化管理体制和科研体制改革，发挥多学科综合研究的优势，致力于高质量内涵式发展，把本院建成全国一流的从事台湾问题和国家统一研究的中国特色高校新型智库，两岸驰名的台湾研究高端人才和涉台事务专门人才培养基地，以及国际知名的国家治理和区域研究学术机构。
